当黑暗已经离我们远去，当DAIGO不在变成光，当那句"所有的人类都可以凭借自己的力量变成光。"已经成为告别黑暗的谢幕词时，当有情人终成眷属，当最后的一刻的留念成为永恒。人类似乎真的相信，和平时代已经来临了……
然而，就在迪迦奥特曼打败黑暗的支配者，为人类夺得光明的两年后，TPC国际和平组织的一项新的计划，又在将世界推向一个新的黑暗中去……
这项计划名为F计划，目的在于利用迪迦之地残留下的奥特曼的石像碎片，研究奥特曼的力量，使得这种力量为人类所使用。打击一切外来侵略者。而就在正木憬悟事件之后，这项计划又悄悄的开始进行了。
路路耶的遗迹，是迪迦奥特曼与黑暗的支配者加坦杰厄最后决战的战场。同时又作为超古代遗迹，被TPC作为F计划的考察研究对象，而胜利队队长也作为随行研究人员之一。被派往遗迹进行勘察。
但是，由于过分的贪婪的追求奥特曼力量的调查小组。在发现了黑暗界的三大巨人的石像后，竟然解除了他们的封印，使得黑暗界的三大巨人重新复苏，他们就是——卡密拉、达拉姆、希特拉。而调查小组付出的代价是。除居间队长外，无一生还。
达拉姆和希特拉放出了邪恶魔鸟-佐加。企图使世界的天空再度蒙上黑暗的阴影……
此时，居间队长的意志，使得在居间队长体内的地球警备团团长—幽怜的基因，苏醒了……
她放出了类似于迪迦之地金字塔一样的结界，挡住了佐加的去路。随后又继续沉睡过去了。
另一方面，与丽娜一起旅行结婚的大古，在遗迹事件后，经常梦见卡密拉来到他的梦境中，使得大古心神不宁，而其中原因到底是因为什么呢?
TPC本部内，胜利队副组长宗方正在为居间会队长替自己去遗迹的事而感到内疚，而TPC高层则认为。此次调查任务的失败，错误在于自身过分追求奥特曼的力量。而为了确保世界能够继续和平。他们决定炸毁遗迹。
但是，仍然坚信队长不会死的宗方以及胜利队队员们，坚决反对炸毁遗迹……
处于遗迹最黑暗的地方的居间会队长苏醒了。处于迷茫状态的她，看见了——超古代城市遗迹…………
大古和丽娜回到了TPC本部，队员们为了不让大古不再继续战斗，而没有告诉他居间队长的事情。
为了保证队长能够平安归来。胜利队队员们终于出发前往遗迹，拯救居间会队长去了。
而心智大乱的大古，找到了幽怜的时间机器。从中得知，3000万年前，迪迦，卡密拉，达拉姆，希特拉引发了巨人之间的内斗。最终使超古代文明毁于一旦。而迪迦在幽怜的感悟下得到了光明的力量，并且夺走了达拉姆的力量，希特拉的敏捷以及卡密拉的黑暗的力量。最终将黑暗界的三大巨人封印在了黑暗中。
在三大巨人复苏的同时，幽怜放出了结界阻止他们，而结界的寿命为100年，如果大古重新拾起黑暗的力量，那么结界就会消失。
3000玩年后复苏的卡密拉，因为憎恨迪迦的背弃，无时无刻不想着要打倒迪迦，然后让黑暗扑满整个世界的天空，而处于卡密拉对迪迦余情未了。将黑暗的神光棒交给大古，希望迪迦能够回到从前的样子。
大古拾起了黑暗的力量，并且变身成为黑暗迪迦。结界也消失了，佐加又一次使世界笼罩在黑暗的天空下。而迪迦为了人类未来的美好生活，分别与达拉姆，希特拉展开对决并且重新得到了力量和敏捷。与卡密拉一战时，迪迦为了保护丽娜，终于倒下了。就在丽娜为大古的倒下而开始绝望时，奇迹出现了。
长眠在超古代文明遗迹的超古代战士们，将自己的光芒给予了迪迦，迪迦奥特曼变成了闪耀的形态 最终打败了卡密拉。
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